El archivo /var/log/syslog, contenía la siguiente información:
Mar 27 10:42:05 llacolen ntpd[726]: frequency initialized 0.000 from /var/lib/ntp/ntp.drift Mar 27 10:42:05 llacolen ntpd[726]: using kernel phase-lock loop 0041 Mar 27 10:49:36 llacolen ntpd[726]: ntpd exiting on signal 15 Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: ntpd 4.0.99g Thu Apr 5 22:38:28 EDT 2001 (1) Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: signal_no_reset: signal 13 had flags 4000000Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: precision = 11 usec Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: kern_enable is 1 Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: using kernel phase-lock loop 0041 Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: frequency initialized 0.000 from /var/lib/ntp/ntp.drift Mar 27 10:49:38 llacolen ntpd[759]: using kernel phase-lock loop 0041 Mar 27 10:57:24 llacolen ntpd[759]: time error 14391 over 1000 seconds; set clock manually
A pesar de que el reloj parecía estar aproximadamente a la hora, 8 minutos después de la instalación inicial del deamon NTP éste reclamaba un desfase mayor que 1000 segundos. Algo extraño estaba ocurriendo. Qué exactamente lo noté al dar el comando date en llacolen (mi máquina) y macul (el servidor a usar):
date (llacolen) Wed Mar 27 11:01:48 UTC 2002 date (macul) Wed Mar 27 11:01:59 CLT 2002
llacolen y macul tenían la hora en distintos formatos (uno relativo a la hora universal, el otro a la zona horaria de Chile), y esto estaba causando problemas.
La solución fue correr (como root), el comando tzconfig y setear la zona de tiempo correspondiente (America/Santiago en este caso). Esto hace que sucesivos date den la hora CLT, y en adelante ntpd ha funcionado perfecto.